Die Christianisierung des Yaquis ermöglichte es den Ordensleuten, sich 1609 auszubreiten und das Gebiet von Sonora zu durchdringen.
Während der Kolonie entsprach Sonora nur den Hängen der Sierra Madre Occidental, die in den Grenzen dieser Einheit enthalten waren. Die Region, die nördlich vom Yaqui River verlief, einschließlich des Real de la Cieneguilla, hieß Pimería Baja, und die nördlichste Region von diesem Real bis zum Colorado River - bereits im aktuellen nordamerikanischen Bundesstaat Arizona - hieß Pimería Alta.
Das derzeitige Gebiet der Sonora umfasst auch eine kleine Region im Südwesten der damaligen Pimería im Bundesstaat Chihuahua und Ostimuri, einem Ort an den Küsten des Golfs von Kalifornien zwischen den Flüssen Mayo und Yaqui.
1614 christianisierten die Missionare Pérez de Rivas und Pedro Méndez die Mayas in der Region Ostimuri und teilten die Mission in drei Distrikte auf: Santa Cruz (an der Mündung des Mayo), Navojoa und Tesia.
Die Tepahues wurden 1620 zusammen mit den Cornicaris eingemeindet. Pater Miguel Godínez gründete die Missionen San Andrés de Cornicari und Asunción de Tepahui . Im selben Jahr wurde das Rektorat San Ignacio gegründet, zu dem neben den fünf zuvor genannten Missionen auch die Missionen Bacúm, Torín und Rahún an der Mündung des Yaqui gehörten.
1617 wurden die Yaquis von den Eltern Pérez de Rivas und Tomás Basilio konvertiert. Trotz Aufständen, Unruhen, Qualen und Morden war die Bekehrung von Sonora schneller und konsolidierter. Im 17. Jahrhundert erweiterten und gründeten die Jesuiten die Mission von Maycoba und Yecora im südwestlichen Teil dessen, was sie als Chínipas kannten.
Die Missionen vom Yaqui-Fluss im Norden wurden in vier Pfarrhäuser unterteilt: San Borja gruppierte die Missionen von: Cucumaripa und Tecoripa , 1619 gegründet; Movas und Onovas, 1622; Sahuaripa im Jahre 1627; Matape im Jahre 1629; Onapa im Jahre 1677 und Arivechi , 1727. Das Rektorat der drei heiligen Märtyrer Japans, zu dem Batuco 1627, Oposura 1640 und Bacadeguachi gehörten , Guazavas , Santa María Baceraca und San Miguel Bavispe , gegründet 1645. Und das Rektorat von San Javier, das 1636 die Missionen von Ures integrierte; Aconchi, Opodepe und Banámichi im Jahre 1639; Cucurpe und Arizpe im Jahre 1648 und Cuaquiárachi im Jahre 1655.
1687 trat der Missionar Eusebio Francisco Kino in die Pimería Alta ein und begann die Mission des Rektorats von Nuestra Señora de los Dolores. Er gründete: Caborca, der Francisco Javier Saeta zugewiesen wurde, der die Korrespondenz mit seiner geistlichen Unterstützung, dem Vater, unterhält Kino; Atil, Tubutama, Unsere Liebe Frau von Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera und Imuris.
Nach der Vertreibung der Jesuiten waren die Missionen für die Franziskaner zuständig, die nicht mehr bauten und sich nur darauf beschränkten, die bestehenden zu erhalten. Nachdem die Jesuiten bereits Siedlungen in Sinaloa und Sonora gegründet hatten, wandten sie sich dem kalifornischen Territorium zu.
