Die ständigen Einfälle des spanischen Eroberers Don Nuño Beltrán de Guzmán in die westlichen Länder des Landes, um seine Herrschaft und Macht über diese Gebiete zu stärken, führten zur Gründung einer neuen Provinz namens Königreich Neu-Galizien.
Die Region wurde von verschiedenen indigenen Gruppen bewohnt, die die Siedlungen, die die Spanier darin gegründet hatten, ständig verwüsteten. Der Leutnant von Nuño de Guzmán, Kapitän Juan B. de Oñate, erhielt den Befehl, diese Provinzen zu befrieden und die Villa de Guadalajara im Ort Nochistlán zu gründen, was er am 5. Januar 1532 vollzog. Angesichts der häufigen Angriffe der Ureinwohner auf die Stadt Er musste ein Jahr später nach Tonalá und später nach Tlacotlán ziehen. Ein dritter Transfer wurde durchgeführt, um die Stadt im Atemajac-Tal zu besiedeln, wo die Stadt am 14. Februar 1542 unter Anwesenheit von Cristóbal de Oñate als Gouverneur von Neugalizien und Don Antonio de Mendoza endgültig gegründet wurde. dann Vizekönig von Neuspanien, der Miguel de Ibarra zum Bürgermeister und Vizegouverneur ernannte.
Die Stadt entwickelte sich schnell und begann mit der von Compostela (heute Tepic) zu konkurrieren, die damals Sitz religiöser und ziviler Mächte war, so dass die Einwohner von Guadalajara einen solchen Druck auf die Behörden von Audiencia ausübten, dass der König Felipe II. Beschloss, eine Cédula vom 10. Mai 1560 herauszugeben, um von Compostela nach Guadalajara, zur Kathedrale, zum königlichen Hof und zu den Finanzbeamten zu ziehen.
Die städtische Struktur wurde gemäß der der anderen Kolonialstädte geplant, daher wurde ihr Layout in Form eines Schachbretts vom San Fernando-Platz aus entwickelt. Später wurden die Stadtteile Mexicaltzingo und Analco von Fray Antonio de Segovia und die Stadtteile Mezquitán, eine der ältesten, gegründet. Die Rathaushäuser wurden ebenfalls gegenüber dem heutigen Tempel von San Agustín und der ersten Pfarrkirche errichtet, in der sich der Justizpalast befindet.
Heute zeigt die prächtige Stadt, die reich an Kolonialgebäuden ist, eine Reihe relevanter architektonischer Beispiele, wie die Kathedrale, die zwischen 1561 und 1618 vom Architekten Martín Casillas erbaut wurde. Sein Stil wurde als beginnender Barock eingestuft. Seine solide Struktur erhebt sich vor der heutigen Plaza de Guadalajara mit seinen merkwürdigen Türmen, die, obwohl sie nicht zum ursprünglichen Stil des Gebäudes gehören, derzeit als Symbol der Hauptstadt von Guadalajara anerkannt sind. Die primitiven Türme wurden im neunzehnten Jahrhundert durch ein Erdbeben zerstört, daher wurden die heutigen hinzugefügt. Das Innere des Tempels ist im halbgotischen Stil gehalten, einschließlich seiner Gewölbe aus Spitze.
Weitere religiöse Gebiete aus dem 16. Jahrhundert sind das 1542 in der Nähe des Flusses im Stadtteil Analco errichtete Kloster von San Francisco, das in der Reformation fast vollständig zerstört wurde. Der Ende des 17. Jahrhunderts renovierte Tempel mit seiner Barockfassade aus bescheidenen salomonischen Linien ist erhalten. Das Kloster San Agustín wurde 1573 durch die königliche Verordnung von Felipe II. Gegründet und bewahrt derzeit seinen Tempel mit seiner Fassade aus strengen Herrer-Linien und sein Inneres mit gerippten Gewölben.
Santa María de Gracia, eine weitere der Klosterfundamente, wurde von dominikanischen Nonnen aus Puebla besetzt, die 1590 vor der Plaza de San Agustín erbaut und von Hernán Gómez de la Peña bezahlt wurden. Der Bau umfasste sechs Häuserblocks, obwohl heute nur noch der Tempel mit einer neoklassizistischen Fassade aus der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts erhalten ist.
