Er wurde 1781 in Guadalajara, Jalisco, geboren.
Als prominenter Arzt und Politiker hatte er bereits in jungen Jahren sein erstes öffentliches Amt im Dienste der spanischen Gerichte inne. Er nahm am Konstituierenden Kongress (1824) teil und wurde später Sekretär für Beziehungen im Kabinett von Gómez Pedraza. 1833 zum Vizepräsidenten ernannt, übernahm er fünfmal die Position des Präsidenten, bis Antonio López de Santa Anna 1847 von seinen Aufgaben als Präsident abwesend war. Zusammen mit José María Luis Mora schlägt Gómez Farias wichtige Änderungen vor, wie die Gleichstellung aller Mexikaner, die Meinungsfreiheit, die Unterdrückung der Privilegien der Kirche und der Armee, die Umsetzung tiefgreifender Wirtschaftsreformen durch Konsolidierung und Tilgung der Staatsverschuldung, Sozialhilfe für die indigenen und ungeschützten Klassen, Organisation der Nationalbibliothek ua Gómez Farias gilt für seine Verdienste um die öffentliche Aufführung als der wahre Vorläufer der Reformation. Er starb 1858 in Mexiko-Stadt.
