Die Ordensleute, die die unbewohnten Gebiete im Norden Neuspaniens betraten, hatten die Idee, die "barbarischen" Nationen zum Christentum zu konvertieren und damit auch in das politische Leben zu integrieren, um später Schulen und Städte in den zuvor von ihnen errichteten Dörfern zu gründen.
Um diese Ziele zu erreichen, wandten sich die Eltern, immer begleitet von bewaffneten Gruppen, an die Heiden und boten ihnen Schutz vor der Kirche und der spanischen Krone als Gegenleistung für die christliche Erziehung. Die Indianer, die akzeptierten, versammelten sich, um eine Mission aufzubauen, wurden ein Zufluchtsort für die Indianer und ein Ort, um europäische Techniken der Landwirtschaft und anderer Berufe zu lernen.
Nach Abschluss der Befriedung wurde die Mission zu einer jungen Stadt mit einer Kirche, während die Missionare an einen anderen Ort zogen, um ihre evangelistische Arbeit wieder aufzunehmen. Dieses System war riskant, weil die Nordindianer sicherlich Widerstand leisteten, da sie feindlicher waren als die im Zentrum und in Richtung Berge flohen.
Die Bekehrung erfolgte auf der Grundlage der Vergabe von Land und des Schutzes der Indianer im Austausch gegen Gehorsam. Diejenigen, die sich widersetzten, wurden bestraft, während diejenigen, die Aufstände organisierten, hingerichtet wurden.
Sobald der indigene Stamm versammelt war, wurde ein Hauptkern oder Kopf integriert, der aus mehreren Städten und Ranches bestand, die ihm unterworfen waren. Die Missionare residierten im Quellgebiet und waren für mindestens zwei besuchende Dörfer verantwortlich. Drei oder mehr Missionare waren auf einen Rektor und einen lokalen Besucher angewiesen. Diese Einrichtungen bildeten zusammen eine Provinz.
Zuerst wurde eine Kirche aus Stein errichtet und um sie herum wurden mit Lehmziegeln Häuser für die zu evangelisierenden Brüder, die Sonne, Würfel und indigene Familien und im Allgemeinen eine Schule gebaut. In den Einrichtungen gab es eine so genannte primitive Wirtschaftsstruktur. Sie hatten Anbauflächen, Saatland, Straßenöffnungen und Bewässerungskanäle; Aufzucht von Vieh, Gemüse und Handwerk. In den Schulen wurden Katechismus, Lesen, Schreiben und Musik unterrichtet.
Im Laufe der Zeit wurden einige Missionen aufgrund verschiedener Ereignisse wie der Vertreibung der Jesuiten im Jahr 1767, der Ausbreitung der von den Spaniern verursachten Krankheiten, der Angriffe der "barbarischen" Indianer, der Wetterbedingungen und der großen Entfernungen vollständig aufgegeben und das kleine Geld, um sie zu pflegen. Einige sind heute als Kirchen erhalten, andere bilden heute Bevölkerungsgruppen von großer Bedeutung. Bei einigen Missionen ist jedoch nur der Ort ihres ursprünglichen Standorts bekannt, bei anderen sind nur noch Ruinen übrig.
Die Jesuiten errichteten Missionen in Baja California Norte und Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nord-Nayarit, Teil von Durango und Coahuila. Nach ihrer Abreise ließen sich die Dominikaner in Nord-Baja California nieder, während die Franziskaner Tamaulipas und Nuevo León evangelisierten und die Missionare des Ordens von Loyola im südlichen Teil von Baja California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, ersetzten. Durango und Coahuila. Im Nordzentrum organisierten sich die Eingeborenen nach dem Aufstand der Zacatecos, der die Fortsetzung der franziskanischen Missionen verhinderte, in Klöstern.
1563 bereiste Kapitän Francisco de Ibarra das Gebiet des heutigen Bundesstaates Sinaloa und gründete einige Städte. Diese dauerten jedoch nur kurze Zeit und erst 1591 wurden die Jesuitenväter Gonzalo de Tapia und Martín Pérez auf Befehl des Gouverneurs von Nueva Vizcaya beauftragt, die Region zu evangelisieren.
Die Ordensleute überquerten im Mai desselben Jahres die Sierra Madre Occidental, kamen durch Acaponeta, Nayarit, und durch Culiacán kamen sie an der Stelle an, wo sie am 6. Juni 1591 ihr erstes Gebäude gründeten: San Felipe de Sinaloa.
